OBJECTIF
- Savoir inférer un arbre phylogénétique et l'interpréter

PRÉREQUIS
- Savoir ce à quoi correspondent des séquences génétiques homologues
- Avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique
- Connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres)
- Avoir des notions de programmation

PROGRAMME
- Lignes de commandes Linux
- Le format Newick
- Dessin d'arbres
- Alignements multiples et nettoyage
- Modèles d'évolution
- Choix de modèles
- Définitions et propriétés des arbres
- Méthodes de parcimonie
- Méthodes de distance
- Maximum de vraisemblance
- Reconstruction phylogénétique Bayésienne
- Bootstraps et autres supports de branches